La Chiesa risale al XIII secolo e presenta in modo pregnante lo stile barocco-rococò.  L'adiacente ossario fu creato per dare sepoltura ai defunti provenienti dal“Brolo”. Entrambi gli edifici furono gravemente danneggiati e l'ossario e la chiesa-santuario furono rielaborate da Andrea Biffi nel 1679.
L'attuale atrio è opera di Carlo Giuseppe Merlo, uno degli architetti della Veneranda Fabbrica del Duomo. La facciata dell'edificio è sobria anche se molto ricca di particolari architettonici.

La cappella-ossario è una stanza con un piccolo altare contornato da reliquie sopra cui si trova una volta affrescata con angeli e nuvole. Lungo le pareti mostra le ossa umane appartenute ai morti dell'ex ospedale di San Barnaba in Brolo, vittime della peste. I teschi sono invece quelli di condannati a morte. 

Secondo una leggenda,il giorno dei Morti, le ossa di una bambina a sinistra dell'altare tornano a vivere, trascinandosi dietro tutti gli altri scheletri in una specie di danza macabra.

Un luogo particolare per comprendere appieno la storia di Milano.